results/test_mm10
├── align
│   └── bam
│       ├── CTCF_ChIP_macrophage_p20.TagAlign.dedup.sort.bam
│       ├── CTCF_ChIP_macrophage_p20.TagAlign.dedup.sort.bam.bai
│       ├── CTCF_ChIP_MEF_p20.TagAlign.dedup.sort.bam
│       ├── CTCF_ChIP_MEF_p20.TagAlign.dedup.sort.bam.bai
│       ├── WCE_p20.TagAlign.dedup.sort.bam
│       └── WCE_p20.TagAlign.dedup.sort.bam.bai
├── peaks
│   ├── gem
│   │   ├── consensus
│   │   │   └── union
│   │   │       ├── CTCF_ChIP_macrophage_p20.gem.sorted.merged.consensus_union.bed
│   │   │       └── CTCF_ChIP_MEF_p20.gem.sorted.merged.consensus_union.bed
│   │   └── replicates
│   │       ├── CTCF_ChIP_macrophage_p20
│   │       │   └── CTCF_ChIP_macrophage_p20.GEM_events.narrowPeak.filtered
│   │       └── CTCF_ChIP_MEF_p20
│   │           └── CTCF_ChIP_MEF_p20.GEM_events.narrowPeak.filtered
│   ├── macs_broad
│   │   ├── consensus
│   │   │   └── union
│   │   │       ├── CTCF_ChIP_macrophage_p20.macs_broad.sorted.merged.consensus_union.bed
│   │   │       └── CTCF_ChIP_MEF_p20.macs_broad.sorted.merged.consensus_union.bed
│   │   └── replicates
│   │       ├── CTCF_ChIP_macrophage_p20
│   │       │   └── CTCF_ChIP_macrophage_p20_peaks.broadPeak
│   │       └── CTCF_ChIP_MEF_p20
│   │           └── CTCF_ChIP_MEF_p20_peaks.broadPeak
│   ├── macs_narrow
│   │   ├── consensus
│   │   │   └── union
│   │   │       ├── CTCF_ChIP_macrophage_p20.macs_narrow.sorted.merged.consensus_union.bed
│   │   │       └── CTCF_ChIP_MEF_p20.macs_narrow.sorted.merged.consensus_union.bed
│   │   └── replicates
│   │       ├── CTCF_ChIP_macrophage_p20
│   │       │   └── CTCF_ChIP_macrophage_p20_peaks.narrowPeak
│   │       └── CTCF_ChIP_MEF_p20
│   │           └── CTCF_ChIP_MEF_p20_peaks.narrowPeak
│   └── sicer
│       ├── consensus
│       │   └── union
│       │       ├── CTCF_ChIP_macrophage_p20.sicer.sorted.merged.consensus_union.bed
│       │       └── CTCF_ChIP_MEF_p20.sicer.sorted.merged.consensus_union.bed
│       └── replicates
│           ├── CTCF_ChIP_macrophage_p20
│           │   └── CTCF_ChIP_macrophage_p20.TagAlign.converted_sicer.broadPeak
│           └── CTCF_ChIP_MEF_p20
│               └── CTCF_ChIP_MEF_p20.TagAlign.converted_sicer.broadPeak
└── qc
    ├── deeptools
    │   ├── bigWigSum.plotPCA.tab
    │   ├── bigWigSum.spearman_heatmap.png
    │   ├── bigWigSum.spearman_heatmap.tab
    │   ├── bigWigSum.spearman_scatterplot.png
    │   ├── bigWigSum.spearman_scatterplot.tab
    │   ├── CTCF_ChIP_macrophage_p20.geneinfo.all_genes.metagene.mat.plotProfile.tab
    │   ├── CTCF_ChIP_macrophage_p20.geneinfo.all_genes.TSS.mat.plotProfile.tab
    │   ├── CTCF_ChIP_macrophage_p20.geneinfo.protein_coding.metagene.mat.plotProfile.tab
    │   ├── CTCF_ChIP_macrophage_p20.geneinfo.protein_coding.TSS.mat.plotProfile.tab
    │   ├── CTCF_ChIP_macrophage_p20.plotFingerprint.mat.txt
    │   ├── CTCF_ChIP_macrophage_p20.plotFingerprint.qcmetrics.txt
    │   ├── CTCF_ChIP_MEF_p20.geneinfo.all_genes.metagene.mat.plotProfile.tab
    │   ├── CTCF_ChIP_MEF_p20.geneinfo.all_genes.TSS.mat.plotProfile.tab
    │   ├── CTCF_ChIP_MEF_p20.geneinfo.protein_coding.metagene.mat.plotProfile.tab
    │   ├── CTCF_ChIP_MEF_p20.geneinfo.protein_coding.TSS.mat.plotProfile.tab
    │   ├── CTCF_ChIP_MEF_p20.plotFingerprint.mat.txt
    │   ├── CTCF_ChIP_MEF_p20.plotFingerprint.qcmetrics.txt
    │   ├── inputnorm.geneinfo.all_genes.metagene.mat.plotProfile.tab
    │   ├── inputnorm.geneinfo.all_genes.TSS.mat.plotProfile.tab
    │   ├── inputnorm.geneinfo.protein_coding.metagene.mat.plotProfile.tab
    │   └── inputnorm.geneinfo.protein_coding.TSS.mat.plotProfile.tab
    ├── fastqc
    │   ├── raw
    │   │   ├── SRR3081748_1_fastqc.html
    │   │   ├── SRR3081748_1_fastqc.zip
    │   │   ├── SRR3081752_1_fastqc.html
    │   │   ├── SRR3081752_1_fastqc.zip
    │   │   ├── SRR3081773_1_fastqc.html
    │   │   └── SRR3081773_1_fastqc.zip
    │   └── trimmed
    │       ├── CTCF_ChIP_macrophage_p20.trim_fastqc.html
    │       ├── CTCF_ChIP_macrophage_p20.trim_fastqc.zip
    │       ├── CTCF_ChIP_MEF_p20.trim_fastqc.html
    │       ├── CTCF_ChIP_MEF_p20.trim_fastqc.zip
    │       ├── WCE_p20.trim_fastqc.html
    │       └── WCE_p20.trim_fastqc.zip
    ├── multiqc
    │   ├── inputs
    │   │   ├── bigWigSum.plotPCA.tab
    │   │   ├── bigWigSum.spearman_heatmap.png
    │   │   ├── bigWigSum.spearman_heatmap.tab
    │   │   ├── bigWigSum.spearman_scatterplot.png
    │   │   ├── bigWigSum.spearman_scatterplot.tab
    │   │   ├── CTCF_ChIP_macrophage_p20.c_curve
    │   │   ├── CTCF_ChIP_macrophage_p20.geneinfo.all_genes.metagene.mat.plotProfile.tab
    │   │   ├── CTCF_ChIP_macrophage_p20.geneinfo.all_genes.TSS.mat.plotProfile.tab
    │   │   ├── CTCF_ChIP_macrophage_p20.geneinfo.protein_coding.metagene.mat.plotProfile.tab
    │   │   ├── CTCF_ChIP_macrophage_p20.geneinfo.protein_coding.TSS.mat.plotProfile.tab
    │   │   ├── CTCF_ChIP_macrophage_p20.plotFingerprint.mat.txt
    │   │   ├── CTCF_ChIP_macrophage_p20.plotFingerprint.qcmetrics.txt
    │   │   ├── CTCF_ChIP_macrophage_p20.spp.out
    │   │   ├── CTCF_ChIP_macrophage_p20.TagAlign.dedup.sort.bam.flagstat
    │   │   ├── CTCF_ChIP_macrophage_p20.TagAlign.dedup.sort.bam.idxstat
    │   │   ├── CTCF_ChIP_macrophage_p20.trim_fastqc.zip
    │   │   ├── CTCF_ChIP_macrophage_p20.trim_screen.html
    │   │   ├── CTCF_ChIP_macrophage_p20.trim_screen.png
    │   │   ├── CTCF_ChIP_macrophage_p20.trim_screen.txt
    │   │   ├── CTCF_ChIP_MEF_p20.c_curve
    │   │   ├── CTCF_ChIP_MEF_p20.geneinfo.all_genes.metagene.mat.plotProfile.tab
    │   │   ├── CTCF_ChIP_MEF_p20.geneinfo.all_genes.TSS.mat.plotProfile.tab
    │   │   ├── CTCF_ChIP_MEF_p20.geneinfo.protein_coding.metagene.mat.plotProfile.tab
    │   │   ├── CTCF_ChIP_MEF_p20.geneinfo.protein_coding.TSS.mat.plotProfile.tab
    │   │   ├── CTCF_ChIP_MEF_p20.plotFingerprint.mat.txt
    │   │   ├── CTCF_ChIP_MEF_p20.plotFingerprint.qcmetrics.txt
    │   │   ├── CTCF_ChIP_MEF_p20.spp.out
    │   │   ├── CTCF_ChIP_MEF_p20.TagAlign.dedup.sort.bam.flagstat
    │   │   ├── CTCF_ChIP_MEF_p20.TagAlign.dedup.sort.bam.idxstat
    │   │   ├── CTCF_ChIP_MEF_p20.trim_fastqc.zip
    │   │   ├── CTCF_ChIP_MEF_p20.trim_screen.html
    │   │   ├── CTCF_ChIP_MEF_p20.trim_screen.png
    │   │   ├── CTCF_ChIP_MEF_p20.trim_screen.txt
    │   │   ├── FRiP_nbasesM.png
    │   │   ├── FRiP_samples.png
    │   │   ├── inputnorm.geneinfo.all_genes.metagene.mat.plotProfile.tab
    │   │   ├── inputnorm.geneinfo.all_genes.TSS.mat.plotProfile.tab
    │   │   ├── inputnorm.geneinfo.protein_coding.metagene.mat.plotProfile.tab
    │   │   ├── inputnorm.geneinfo.protein_coding.TSS.mat.plotProfile.tab
    │   │   ├── jaccard_heatmap_all.png
    │   │   ├── jaccard_pca_all.png
    │   │   ├── jaccard_pca_tool.png
    │   │   ├── peak_widths_histogram.png
    │   │   ├── qc_table.tsv
    │   │   ├── SRR3081748_1_fastqc.zip
    │   │   ├── SRR3081752_1_fastqc.zip
    │   │   ├── SRR3081773_1_fastqc.zip
    │   │   ├── WCE_p20.c_curve
    │   │   ├── WCE_p20.spp.out
    │   │   ├── WCE_p20.TagAlign.dedup.sort.bam.flagstat
    │   │   ├── WCE_p20.TagAlign.dedup.sort.bam.idxstat
    │   │   ├── WCE_p20.trim_fastqc.zip
    │   │   ├── WCE_p20.trim_screen.html
    │   │   ├── WCE_p20.trim_screen.png
    │   │   └── WCE_p20.trim_screen.txt
    │   └── multiqc_report.html
    └── phantompeakqualtools
        ├── CTCF_ChIP_macrophage_p20.fraglen.txt
        ├── CTCF_ChIP_macrophage_p20.ppqt.pdf
        ├── CTCF_ChIP_macrophage_p20.spp.out
        ├── CTCF_ChIP_MEF_p20.fraglen.txt
        ├── CTCF_ChIP_MEF_p20.ppqt.pdf
        ├── CTCF_ChIP_MEF_p20.spp.out
        ├── WCE_p20.fraglen.txt
        ├── WCE_p20.ppqt.pdf
        └── WCE_p20.spp.out

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